Il y a plusieurs questions très distinctes qu'il faut se poser séparément sinon on va s'embrouiller les pinceaux.
1) Le dépôt de la marque Parti Pirate est-il utile ?
C'est la première question parce que si on y répond pas, ça veut dire qu'on s'empaille pour rien
Pour y répondre clairement, il faudrait disposer d'une analyse juridique un peu au delà de mes capacités mais, en gros, il semble que oui. Raisonnement par l'absurde : sans ça, les autres partis le feraient pas. Un peu plus concret, l'exemple de cas de figure évoqué, si mes souvenirs sont bons, par Mistral : sans le dépôt de marque, une boîte d'édition qui prendrait le nom de "Parti Pirate" aurait le droit de le faire et nous n'aurions aucun droit de regard sur ce qu'elle publierait.2) Le dépôt de la marque Parti Pirate est il contraire à nos valeurs ?
Il n'y a qu'à observer les réactions de nombreux pirates sincères pour constater qu'on touche ici à quelque chose de très symbolique, voire de religieux (et je précise que le "religieux" est dans ma bouche quelque chose d'éminemment respectable). Déposer la marque "Parti Pirate" touche pour beaucoup au blasphème. Plus concrètement, nombre de pirates y voient un risque de sclérose des idées ou de monopole bureaucratique.
Ces arguments peuvent être nuancés. D'une part on peut leur opposer le principe de réalité : le Parti Pirate s'inscrit dans le jeu politique qui est un jeu sans pitié. Désarmer de façon unilatérale est pour le moins très périlleux. D'autre part, il y a toute une série de nuances entre le droit d'auteur, le droit des marques, etc. sur lesquelles les positions du Parti Pirate ne sont pas aussi tranchées qu'on pourrait le croire (j'avoue, en passant, ma relative incompétence sur ce point là)
Cette deuxième question est assez indissociable de la troisième qui suit :
3) Le dépôt de marque "Parti Pirate", pourquoi faire ?
Est-ce que c'est pour faire du fric en vendant des tee-shirts ou des dérivés de sodas transgéniques ? Est-ce que c'est pour protéger le parti contre les forks agressifs éventuellement téléguidés par des partis concurrents ? Est-ce que c'est pour faire rentrer dans le rang des partis parallèles ? Est-ce que c'est pour empêcher l'exploitation commerciale de notre image par des entreprises privées ?
Sur ce point, je pense que c'est au bureau de s'exprimer dans un premier temps et, forcément, aux adhérents de décider ensuite.
4) Le bureau a t-il outrepassé ses droits en déposant la marque sans demander l'avis des adhérents ?
Statutairement, non, il en avait le droit. Du point de vue de l'esprit pirate, c'est plus compliqué. Incontestablement, le dépôt de marque n'est pas qu'une procédure administrative parmi d'autres, c'est une décision politique.
La discrétion du bureau se justifie par le fait que la durée et la publication de débat aurait permis à un tiers de doubler le parti en déposant la marque avant nous. L'argument me paraît recevable mais il ne l'est pas pour tout le monde.
5) Et maintenant on fait quoi ?
Contrairement à ce qui a pu être dit, les adhérents restent maîtres du jeu. Ils peuvent concevoir une charte d'utilisation de la marque "Parti Pirate. Ils peuvent exiger des garanties des instances nationales contre son utilisation dans tel ou tel cas de figure. Ils peuvent même demander à leurs coordinateurs de voter l'abandon de la marque et alors le bureau s'exécutera.
Voilà. Il n'y a pas de caractère d'urgence, on est en période calme. On a tout l'été pour réfléchir et décider. Si on prend le temps et qu'on discute sereinement, je crois que par extension, nous pouvons arriver à des débats intéressants et vraiment de fond :
- Quelle est la stratégie du parti pirate ?
- Quel fonctionnement pour le bureau (question indissociable de l'implication des adhérents) ?
- Quelles sont nos valeurs les plus fondamentales ?
- Comment allons nous faire vivre ces valeurs dans le jeu politique réel au moment où le PP commence à s'étoffer et donc à intéresser / gêner des partis traditionnels ?
(on me fait remarquer à juste titre la consultation : 
